Nhân vật chính của truyện là Tử Văn, một con người “khảng khái, nóng nảy” và “cương trực”. Trong làng có một ngôi đền vốn thờ thần Thổ Công một Ngự sử đại phu đời Lí Nam Đế nhưng đã bị hồn ma viên Bách hộ họ Thôi, một tên tướng giặc Ngô tử trận, làm mưa làm gió đến nỗi Thổ Công phải lánh đến ở nhờ đền Tản Viên. “Thấy sự tà gian thì không thể chịu được”, Tử Văn bèn châm lửa đốt đền. Chàng bị hồn ma Bách hộ họ Thôi doạ bắt đem xuống Minh ti hỏi tội nhưng hồn Thổ Công đã giúp sức, bày cách cho Tử Văn. Chàng bị quỉ sứ bắt đi. Trước mặt Diêm Vương, Tử Văn đã vạch trần tội danh của kẻ tà ma bịp bợm. Hồn ma Bách hộ bị bỏ ngục Cửu U, Tử Văn được sống trở về. Cảm người có công với mình lại cương trực, ngay thẳng, thần Thổ Công đã tiến cử Tử Văn giữ chức Phán sự đền Tản Viên. Tử Văn vui vẻ nhận lời rồi “không bệnh mà mất”. Từ khi giữ chức Phán sự đền Tản Viên, hồn Tử Văn đi mây về gió, làm phận sự giúp đời.
Tư tưởng chủ đề của truyện được bộc lộ thông qua nhân vật Tử Văn. Nhân vật này được giới thiệu theo phương pháp truyền thống trong văn hoc trung đại (bao gồm tên tuổi, quê quán, tính tình...). Tính cách và phẩm chất của Tử Văn được bộc lộ rõ nét và đầy đủ qua hành động đốt đền. Hành động này của Tử Văn xuất phát từ một ý thức rõ ràng về chính - tà nên hợp lòng dân và được thần linh phù hộ. Việc tà ma Bách hộ họ Thôi làm mưa làm gió, thậm chí định lung lạc cả Diêm Vương cho thấy ở thời đại Nguyễn Dữ, cái ác, cái xấu hoành hành khắp nơi và có nguy cơ làm đảo lộn cả giường cột xã hội. Tuy nhiên, bằng niềm tin vào chính nghĩa, tin vào những con người cương trực như Tử Văn. Nguyễn Dữ đã để cho câu chuyện kết thúc một cách có hậu. Tử Văn chết nhưng là để phong thần thăng chức. Người tốt được tôn vinh, kẻ xâu bị trừng trị.
Truyện có ý nghĩa hiện thực rõ ràng và ý nghĩa nhân đạo sâu sắc. Nguyễn Dữ đã gửi gắm tư tưởng của mình qua lời bình ở cuối truyện; “Kẻ sĩ chỉ lo không cứng cỏi được, còn gãy hay không là việc của trời. Sao lại đoán trước là sẽ gãy mà chịu đổi cứng ra mềm?”. Và “kẻ sĩ không nên kiêng kị sự cứng cỏi”. Lời bình nói về “kẻ sĩ” mà hiểu rộng ra chính là nói về con người. Con người có lòng từ thiện, có bản lĩnh dù phải chết cũng không sợ tất sẽ chiến thắng.
Chuyện chức Phán sự đền Tản Viên của Nguyễn Dữ là loại truyện truyền kì được viết bằng văn xuôi chữ Hán. Thời trung đại, đây là loại truyện rất được ưa chuộng. Sức hấp dẫn của loại truyện này trước hết là ở tính chất “kì” (yếu tố kì ảo). “Chuyện chức Phán sự đền Tản Viên” ngay từ nhan đề đã đưa người đọc bước vào thế giới kì ảo. Truyện toàn viết về thần linh (Thổ Công, đức Thánh Tản Viên), ma quỷ (Diêm Vương, hồn ma tướng giặc), chết đi sống lại (Tử Văn chết hai ngày rồi trở về...). Điều đáng nói ở đây là cốt lõi hiện thực đã được leng vào một cốt truyện kì ảo. Người đọc bị mê hoặc bởi bức màn kì ảo để rồi khi đọc hết truyện, suy ngẫm về các nhân vật, tình tiết... sẽ nhận ra giá trị hiện thực mà tác giả muốn phản ánh.
Bên cạnh tính chất kì ảo, truyện còn được kể một cách hấp dẫn nhờ sự thể hiện tổng hoà các phương diện nghệ thuật từ tính cách, cốt truyện đến bố cục, tình tiết. Cốt truyện được kết cấu như một xung đột giàu kịch tính. Màn kịch được kể có lớp lang để tính cách nhân vật càng ngày càng bộc lộ rõ rệt. Các tình tiết trong truyện được biểu hiện một cách công phu, giàu tính biểu tượng, đồng thời nhiều chi tiết quan trọng được đan cài tự nhiên, hàm súc.
Tóm lại, Chuyện chức Phán sự đền Tản Viên của Nguyễn Dữ là một truyện hấp dẫn và giàu ý nghĩa. Nguyễn Dữ xứng đáng là người học trò xuất sắc của Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm và tác phẩm của ông (Truyền kì mạn lục) xứng đáng là “Thiên cổ kì bút”.