Ngày xưa, ở quận Cao Bình có vợ chồng Lục ông làm nghề đốn củi hiền lành, giàu lòng thương người. Ngọc Hoàng thương tình vợ chồng Lục ông hiếm hoi bèn cho Thế tử xuống trần đầu thai. Lục bà mang thai, nhưng đã nhiều năm vẫn chưa sinh nở. Rồi Lục ông qua đời... Mãi mấy năm sau, người mẹ già mới sinh được đứa con trai rất khôi ngô, đặt tên là Thạch Sanh. Chẳng bao lâu sau, mẹ hiền cũng qua đời. Thạch Sanh bơ vơ, lấy gốc đa làm nhà, kiếm củi độ thân. Ngọc Hoàng rất thương, bèn sai Thiên thần xuống trần dạy Thạch Sanh võ nghệ, các phép thần thông biến hoá, và cho búa thần làm vũ khí.
Gần vùng có Lý Thông làm nghề bán rượu. Hắn đã đón Thạch Sanh về nhà kết nghĩa làm anh em. Năm ấy, đến lượt Lý Thông phải nộp mình cho Trăn tinh, hắn bèn lập mưu để Thạch Sanh đi giết quái vật thay mình, cắt đầu và xả xác quái vật, Thạch Sanh được bộ cung tên thần bằng vàng. Xách đầu Trăn tinh về, Thạch Sanh đập cửa gọi. Hai mẹ con họ Lý hoảng hồn... Nhưng khi mở cửa, Lý Thông nhìn thấy cái đầu khổng lồ của Trăn tinh, hắn bèn doạ Thạch Sanh giết chết báu vật của vua nuôi, phải mau mau trốn đi. Thạch Sanh lại trở về gốc đa chốn cũ. Lý Thông đem đầu trăn tinh dâng nộp triều đình và hắn được vua phong tước Quận công.
Trong lễ hội kén chọn phò mã, công chúa đã bị Đại bàng khổng lồ quắp đi. Thạch Sanh đang nằm nghĩ dưới gốc đa chợt thấy con chim lạ bay về hang ở. Nhà vua hứa gả công chúa cho người tài nào cứu được nàng. Lý Thông tìm gặp "đứa em kết nghĩa". Thạch Sanh theo dấu máu tìm đến hang ổ đại bàng, ác điểu chống trả quyết liệt chàng dũng sĩ, nhưng nó đã bị chàng dùng cung tên vàng bắn mù cả hai mắt, dùng búa thần chém đứt vuốt sắc, bổ làm đôi đầu quái vật. Dòng dây đưa nàng công chúa thoát khỏi hang sâu, Lý Thông lại sai quân lính vần đá lấp cửa hang hãm hại Thạch Sanh. Chàng đã đi khắp hang lạnh, khám phá. Thạch Sanh lại dùng cung tên thần bắn tan cũi sắt, cứu thoát Thái tử con vua Thuỷ tề đang bị Đại bàng giam hãm. Thạch Sanh được Thái tử mời xuống chơi thuỷ phủ. Nhà vua hậu đãi chàng dũng sĩ cõi trần. Để đền ơn ân nhân, vua Thuỷ tề tặng Thạch Sanh nhiều vàng ngọc, nhưng chàng khước từ, chỉ xin nhận một cây đàn thần làm. kỉ vật. Thạch Sanh lại trở về gốc đa. Hồn của đại bàng và trăn tinh căm thù hâm hãi Thạch Sanh nên đã cùng bàn mưu bị hạ ngục!
Công chúa sau khi được cứu thoát, đã bị câm. Các quan ngự y đều bó tay. Lý Thông vô cùng nóng ruột... Nằm trong ngục, Thạch Sanh lấy đàn thần ra gáy. Tiếng đàn lúc thì ai oán não nùng, lúc, thì hờn căm uất hận. Nghe tiếng đàn thần, công chúa tự nhiên nói được, nàng xin vua cha được gặp người đánh đàn.
Gặp ân nhân, công chúa vui mừng khôn xiết kể lại câu chuyện dưới hang sâu. Nhà vua tức giận bắt giam Lý Thông và giao cho Thạch Sanh xét xử. Chàng đã tha tội cho cả hai mẹ con về quê. Nhưng đên giữa đường cả hai mẹ con Lý Thông đều bị sét đánh chết, hoá kiếp thành bọ hung.
Vua cho Thạch Sanh làm phò mã. Mười tám nước chư hầu bất bình kéo quân vây đánh kinh đô. Thạch Sanh lại dùng đàn thần lui giặc. Hàng vạn tướng sĩ chư hầu được Thạch Sanh đãi một niêu cơm thần bé xíu mà ăn mãi chẳng hết.
Mấy năm sau, vua già yếu, nhường ngôi báu cho Thạch Sanh.