Về mặt cấu trúc, tác phẩm có thể chia thành bốn phần. Phần 1là nêu luận đề chính nghĩa (Từ đầu đến “chứng cớ còn ghi”), phần 2 là phần tố cáo tội ác, vạch trần âm mưu xâm lược Đại Việt với cớ phù Trần diệt Hồ của giặc (Tiếp theo phần 1 đến “Ai bảo thần dân chịu được”), phần 3 là quá trình kháng chiến và sự thắng lợi của khởi nghĩa Lam Sơn (Tiếp theo phần 2 đến “cũng là chưa thấy xưa nay”), phần 4 là phần nêu ra bài học lịch sử và sự khẳng định chính nghĩa sẽ thắng phi nghĩa (phần còn lại).
Ở phần mở đầu tác giả nêu lên triết lí về nhân nghĩa, một triết lí có giá trị lịch sử và tầm vóc của thời đại. Trong thơ Nguyễn Trãi, vấn đề “nhân nghĩa” không đơn giản chỉ là sự yêu thương giúp đỡ lẫn nhau mà nó đã được nâng lên và thể hiện trong hành động cụ thể:
“Việc nhân nghĩa cốt ở yên dân
Quân điếu phạt trước lo trừ bạo”
Đối với Nguyễn Trãi, việc trước hết là “trừ bạo” để nhân dân có được một cuộc sống yên ổn, ấm no, hạnh phúc. Ông cho rằng nếu muốn trị vì thiên hạ thì việc phải nghĩ đến đầu tiên chính là “nhân nghĩa”. Những câu thơ tiếp theo tác giả muốn nói về nước Đại Việt của chúng ta:
“Như nước Đại Việt ta từ trước
Vốn xưng nền văn hiến đã lâu
…
Tuy mạnh yếu từng lúc khác nhau
Song hào kiệt đời nào cũng có”
Trong những câu thơ trên Nguyễn Trãi cho rằng “nhân nghĩa” đã có từ lâu đời ở nước ta, đồng thời khẳng định chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ của dân tộc được thể hiện ở việc núi sông bờ cõi đã được phân chia rõ ràng. Vì đã được phân chia nên việc hình thành những phong tục tập quán cũng có nhiều khác biệt tuy nhiên vẫn có điểm chung là sự tồn tại song song của các triều đại lịch sử. Lời thơ như một lần khẳng định lại nội dung của “Nam quốc sơn hà” – được coi như bản tuyên ngôn đầu tiên của dân tộc:
“Sông núi nước Nam vua Nam ở
Rành rành định phận tại sách trời
Cớ sao lũ giặc sang xâm phạm
Chúng bay sẽ bị đánh tơi bời”
Chính vì đã có những hành động xâm chiếm nước ta nên họ phải chuốc lấy hậu quả:
“Lưu Công tham công nên thất bại
Triệu Tiết thích lớn phải tiêu vong
Cửa Hàm Tử bắt sống Toa Đô
Sông Bạch Đằng giết tươi Ô Mã”
Những kết cục như thế này đều tự do chính họ chuốc lấy vì thông qua bài tuyên ngôn đầu tiên đã như một lời cảnh cáo nhưng họ vẫn cố tình thực hiện.
Ở phần thứ hai, tác giả đã nêu ra những tội ác của giặc và vạch rõ bộ mặt thật của giặc đằng sau lớp vỏ ngụy tạo “phù Trần diệt Hồ”:
Từ việc:
“Nướng dân đen trên ngọn lửa hung tàn
Vùi con đỏ xuống dưới hầm tai vạ”
Cho đến việc chúng bắt nhân dân phải xuống biển mò ngọc trai lên rừng sâu đãi cát tìm vàng, phải đối mặt với “rừng thiêng nước độc” và muôn vàn khó khăn nguy hiểm , rồi đến sưu thuế chồng chất, phu phen lao dịch nặng nề. Chúng hành hạ nhân dân ta đủ mọi đường “thằng há miệng, đứa nhe răng, máu mỡ bấy no nê chưa chán”, sự độc ác và tàn nhẫn khiến tác giả phải thốt lên:
“Độc ác thay, trúc Nam Sơn không ghi hết tội
Dơ bẩn thay, nước Đông Hải không rửa sạch mùi”
Giữa lúc ấy, nghĩa quân Lam Sơn đã dấy lên tinh thần yêu nước và tiến hành cuộc khởi nghĩa:
“Núi Lam Sơn dấy nghĩa
Chốn hoang dã nương mình
Ngẫm thù lớn há đội trời chung
Căm giặc nước thề không cùng sống”
Căm phẫn trước tội ác của giặc, bóc lột nhân dân đủ đường khiến nhân dân lầm than cực khổ khiến người lãnh đạo là Lê Lợi và nghĩa quân mất ăn, mất ngủ, quyết tâm chiến đấu với tất cả tinh thần vì độc lập nước nhà:
“Căm giặc nước thề không chung sống
Đau lòng nhức óc chốc đà mười mấy năm trời
Nếm mật nằm gai há phải một hai sớm tối
Quên ăn vì giận, sách lược thao suy xét đã tinh”
Tinh thần và lòng quyết tâm đã dâng cao như núi nhưng chỉ còn lo một nỗi về việc tìm kiếm “nhân tài” và “hào kiệt”, đây là một việc khó vì theo tác giả:
“Hào kiệt như sao buổi sớm
Nhân tài như lá mùa thu”
Trong khi đó, nghĩa quân vừa dấy quân khởi nghĩa vẫn còn non nớt, thiếu thốn về mọi mặt như lương thực “Khi Linh Sơn lương hết mấy tuần”, quân sĩ “Lúc Khôi Huyện quân không một đội”, còn quân thù thì đang rất mạnh, đây chính là khó khăn của chúng ta và cách khắc phục duy nhất chính là sự đồng lòng của toàn bộ nghĩa quân “Tướng sĩ một lòng phụ tử/ Hòa nước sông chén rượu ngọt ngào”. Dưới sự lãnh đạo tài tình của Lê Lợi “lấy yếu chống mạnh, lấy ít địch nhiều” và triết lí “Lấy đại nghĩa để thắng hung tàn/ Lấy chí nhân để thay cường bạo” cùng với sự dũng cảm, gan dạ của binh sĩ, nghĩa quân Lam Sơn ngày một trưởng thành và lớn mạnh “sĩ khí đã hăng, quân thanh càng mạnh”, kết quả là nghĩa quân giành được nhiều chiến thắng vang dội “Đánh một trận sạch không kinh ngạc/ Đánh hai trận tan tác chim muông”, còn giặc Minh thì phải chấp nhận những thất bại liên tiếp và những tên tướng đều có kết thúc thật bi thảm:
“Ngày mười tháng tám, trận Chi Lăng
Liễu Thăng thất thế
Ngày hai mươi, trận Mã Yên
Liễu Thăng cụt đầu
Ngày hăm lăm, bá tước Lương Minh đại bại tử vong
Ngày hăm tám, thượng thư Lý Khánh cùng kế tự vẫn”
Tác giả đã ghi lại chi tiết từng mốc thời gian như những mốc son chói lọi trong lịch sử dân tộc nhưng lại là vết nhơ, nỗi nhục nhã đối với giặc Minh.
Mặc dù tội ác của giặc mãi mãi không thể rửa sạch nhưng quân ta vẫn trợ cấp cho giặc để về nước khi đã bại trận:
“Mã Kỳ, Phương Chính, cấp cho năm trăm chiếc thuyền
Ra đến biển mà vẫn hồn bay phách lạc
Vương Thông, Mã Anh phát cho vài nghìn cỗ ngựa
Về đến nước mà vẫn tim đập chân run”.
Hành động này thể hiện truyền thống nhân nghĩa từ lâu đời của dân tộc ta, một lần nữa khẳng định lời của Nguyễn Trãi:
“Lấy đại nghĩa để thắng hung tàn
Lấy chí nhân để thay cường bạo”
Phần cuối của tác phẩm đã nêu ra bài học lịch sử quý báu về ý thức độc lập chủ quyền và vấn đề nhân nghĩa, đồng thời khẳng định sự thắng lợi của cuộc chiến tranh chính nghĩa:
“Xã tắc từ đây vững bền
Giang sơn từ đây đổi mới
…
Âu cũng nhờ trời đất tổ tong
Linh thiêng đã lặng thầm phù trợ”
“Bình Ngô đại cáo” có ý nghĩa như một bản Tuyên ngôn độc lập của dân tộc, vừa tố cáo tội ác của giặc Minh vừa khẳng định được độc lập chủ quyền dân tộc, là minh chứng hùng hồn cho cuộc chiến thắng của nhân dân ta. Đã một thời gian dài trôi qua, nhưng giá trị của bài cáo vẫn tồn tại vĩnh hằng và Nguyễn Trãi – nhà quân sự tài ba, nhà chính trị lỗi thời, nhà thơ, nhà văn xuất sắc sẽ sống mãi trong lòng dân tộc Việt Nam.