Âm mưu của chúng là chia rẽ giữa tôn giáo này với tôn giáo khác, giữa tôn giáo với không tôn giáo, đặc biệt giữa đồng bào tôn giáo với Đảng, Nhà nước và cách mạng.
Chúng đã dùng các thủ đoạn kích động, lừa mị và o ép, khoét sâu mâu thuẫn về tư tưởng, kích động mâu thuẫn trong nội bộ nhân dân để lừa gạt, lôi kéo, giành giật đồng bào về phía chúng và đẩy dân ra đối đầu với chính quyền, với Đảng.
Để lợi dụng vấn đề tôn giáo trong bối cảnh thế giới hiện nay, Mỹ đã triệt để lợi dụng các xu hướng toàn cầu hoá, quốc tế hoá, đề ra khẩu hiệu nhân quyền cao hơn chủ quyền, quyền cá nhân cao hơn quyền cộng đồng. Mỹ lại nhân danh các công ước quốc tế và lợi dụng các cơ chế toàn cầu để pháp lý hoá các pháp luật, các quy định đơn phương từ phía Mỹ nhằm can thiệp vào công việc nội bộ của các tôn giáo và các quốc gia. Mỹ triệt để khai thác các phương tiện thông tin hiện đại trong điều kiện xã hội thông tin để lừa mị, lung lạc, sử dụng tay sai đội lốt chức sắc giáo sĩ để hoạt động chính trị phản động; lợi dụng các mối quan hệ hải ngoại và quốc tế để nuôi dưỡng, tác động, chỉ đạo các tổ chức tôn giáo nghe theo chúng hoạt động “diễn biến hoà bình”. Thực tế tình hình tỏng những năm qua, cho thấy cuộc đấu tranh chống các thế lực thù địch lợi dụng tôn giáo để thực hịên “diễn biến hoà bình” tại nước ta đã diễn ra rất gay go, quyết liệt.
Từ năm 1999 đến nay, các thế lực thù địch quyết tâm phối hợp lực lượng, kết hợp vấn đề tôn giáo với vấn đề dân tộc nhằm thực hiện “diễn biến hoà bình”, tập trung vào năm 2000 và các năm tiếp theo. Chúng móc nối xây dựng tổ chức liên tôn giáo chống Đảng, chống Nhà nước, tìm mọi cách để ra mắt tổ chức chống đối ngay trong nước. Chúng kích động những người tin theo tôn giáo trong dân tộc đa số cũng như thiểu số, tìm cách cho ra đời các “giáo hội độc lập”, các “tôn giáo ly khai” theo kiểu “Tin hành Đềga”, nhanạ chỉ đạo trực tiếp từ nước ngoài, được các lực lượng phản động nước ngoài công khai cổ vũ, ủng hộ và chi viện.
Các thế lực thù địch luôn luôn tìm cách khai thác mọi sơ hở của ta để kích động quần chúng lạc hậu vi phạm pháp luật, làm rối loạn trật tự xã hội, gây bạo loạn nhằm tạo cớ để nước ngoài can thiệp.
Một số tổ chức tôn giáo phản động ở hải ngoại như Phật giáo Việt Nam thống nhất hải ngoại tán phát tài liệu trên mạng in-tơ-net với nội dung xuyên tạc, vu khống chính quyền Việt Nam khủng bố, đàn áp, bắt giam, ngăn cản hoạt động tôn giáo của các tín đồ Phật giáo Hoà Hảo; số cầm đầu tổ chức người Thượng lưu vong ở Mỹ tổ chức biểu tình phản đối chính quyền Việt Nam vi phạm nhân quyền đối với người dân tộc thiểu số ở Tây Nguyên, tiếp tục chỉ đạo số trong nước thu thập tình hình có liên quan đến dân chủ, nhân quyền và tìm cách gặp người nước ngoài để yêu cầu họ giúp giải quyết vấn đề “Tin Lành Đề-ga”. Nhiều năm qua, đạo Tin Lành bị bọn phản động Phun-rô triệt để lợi dụng để chống phá cách mạng Việt Nam. Chúng núp dưới chiêu bài “Tin Lành Đề-ga” để kích động quần chúng chống phá cách mạng.
Trong gần 30 năm qua, các thế lực phản động luôn thực hiện chiến lược “diễn biến hòa bình”, lợi dụng vấn đề tôn giáo, dân tộc và nhân quyền tạo ra xung đột, điểm nóng để can thiệp vào công việc nội bộ của Việt Nam. Chúng tìm mọi cách lợi dụng triệt để vấn đề tôn giáo, gây dựng lực lượng đối lập với Đảng và Nhà nước Việt Nam. Núp dưới ngọn cờ dân chủ và tự do lương tâm, tự do tôn giáo, các thế lực thù địch và phản động không ngừng cổ súy cho các nhân vật có tư tưởng chống đối Đảng và Nhà nước trong các tổ chức tôn giáo. Mặt khác, chúng luôn tìm kiếm sơ hở trong giải quyết vấn đề tôn giáo để cáo buộc Việt Nam vi phạm nhân quyền và tự do. Trong bối cảnh đó, hầu hết các tôn giáo ở nước ta gần đây đều bị các lực lượng thù địch và phản động trong nước và ngoài nước lợi dụng vào những mưu đồ chính trị chống phá cách mạng Việt Nam.
Với Phật giáo: Với Phật giáo Bắc tông/Phật giáo Đại thừa, ở trong nước, đó là những hoạt động chống đối Nhà nước Việt Nam và Giáo hội Phật giáo Việt Nam, đòi phục hoạt cái gọi là “Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất” của nhóm “Tăng đoàn Thừa Thiên-Huế” do Thích Thiện Hạnh, Thích Thái Hòa lãnh đạo; của một số phần tử cực đoan đứng đầu là Thích Huyền Quang và Thích Quảng Độ,v.v... Ở nước ngoài, đó là những hoạt động trực tiếp chống đối Chính phủ Việt Nam của nhóm Võ Văn Ái, Thích Hộ Giác. Ở ngoài nước và trong nước, đó còn là những hoạt động thiếu thiện chí cả đạo lẫn đời của Phật giáo Làng Mai do Sư ông Thích Nhất Hạnh lãnh đạo và điều hành, mà vụ việc Tu viện Bát Nhã (Lâm Đồng) là một ví dụ điển hình,v.v...
Với Phật giáo Nam tông Khmer, đó là sự hoạt động tích cực của Liên hội Sư sãi Khmer Campuchia Krôm tại Mỹ vu cáo tình trạng Phật giáo Khmer ở Việt Nam bị đàn áp, đòi được thành lập giáo hội Phật giáo riêng cho người Khmer độc lập với Giáo hội Phật giáo Việt Nam. Các tổ chức, hội nhóm Khmer Campuchia tiếp tục hoạt động liên kết, móc nối, kích động tư tưởng “ly khai tự trị”, xây dựng cơ sở, phát triển lực lượng vào sư sãi, chùa chiền Khmer ở Nam Bộ. Các hội nhóm người Khmer Krôm lưu vong ở Mỹ, Campuchia tiếp tục đẩy mạnh hoạt động phát triển tổ chức, thu thập tin tức, tài liệu về người Khmer để tuyên truyền chống phá Nhà nước Việt Nam.
Đối với Phật giảo Hoà Hảo: Lê Quang Liêm tiếp tục chỉ đạo tay chân ở Nam Bộ thu thập tài liệu về cái gọi là đàn áp Phật giáo Hoà Hảo để gửi ra nước ngoài nhằm vu cáo Nhà nước Việt Nam vi phạm nhân quyền; trả lời phỏng vấn các phóng viên nước ngoài vu cáo Nhà nước ta đàn áp tôn giáo và xin tài trợ của các tổ chức phản động nước ngoài. Một số phần tử cực đoan trong Phật giáo Hoà Hảo kích động tín đồ cực đoan mắc bệnh nan y không thể chữa khỏi “phát nguyện tự thiêu” để vu cáo chính quyền. Trần Hữu Duyên tiếp tục có những hoạt động tranh thủ sự ủng hộ, tài trợ của nước ngoài để dự định phục hồi “Đảng Dân Xã” của Phật giáo Hoà Hảo trước năm 1975.
Đối với Công giáo: Đó là những hoạt động của Linh mục Nguyễn Văn Lý chống đối chính quyền, kêu gọi Mỹ và các nước Phương Tây can thiệp vào vấn đề tự do tôn giáo ở Việt Nam. Giáo hội Công giáo tại một số địa phương chỉ đạo các giáo dân tăng cường các hoạt động xây đựng cơ sở thờ tự trái phép, đấu tranh đòi lại các cơ sở vật chất cũ. Một số đối tượng cực đoan trong Công giáo như Chân Tín, Nguyễn Hữu Giải, Phan Văn Lợi tiếp tục soạn thảo, phát tán các tài liệu có nội dung kích động đấu tranh chống chế độ. Một số chức sắc của giáo xứ Thái Hà (Hà Nội), đứng đầu là Vũ Khởi Phụng, Nguyễn Văn Khải thường xuyên có những bài viết, bài thuyết giảng kêu gọi sự tham gia của các giáo dân và chức sắc ở các khu vực khác ủng hộ cho những việc làm vi phạm pháp luật của họ; kích động giáo dân đối đầu với chính quyền gây mất ổn định xã hội, vu cáo chế độ, chia rẽ khối đoàn kết dân tộc.
Đối với đạo Tin Lành: Các phần tử và tổ chức phản động trong đạo Tin Lành ở Tây Nguyên đã kích động một bộ phận đồng bào thiểu số gây bạo loạn ở các tỉnh Gia Lai, Đắc Lắc vào năm 2001 và năm 2004, nhằm đòi lại đất đai, đuổi người Kinh ra khỏi Xây Nguyên, đòi quyền độc lập, tự do tôn giáo, kích động đồng bào di tản sang Campuchia, Mỹ. Các phần tử phản động ở Tây Bắc tuyên truyền, kêu gọi thành lập nhà nước “Tam Miêu tự trị” của ngươi Mông, lấy đạo Tin Lành làm quốc đạo.
Trong đạo Tin Lành ờ người Việt nổi lên là hoạt động chống lại các cơ quan chức năng, vu cáo công an đàn áp tôn giáo, thách thức, đối đầu với chính quyền, phát tán các tải liệu có nội dung xuyên tạc chính sách của Đảng Cộng sản Việt Nam và Nhà nước Việt Nam ra nước ngoài của nhóm Tin Lành tư gia ở Thành phố Hồ Chí Minh và miền Đông Nam Bộ. Hiệp hội Thông công Tin Lành Việt Nam kí tên vào bản kiến nghị đòi trả tự do cho một số mục sư bị bắt giam.
Hiện nay và trong thời gian tới, chủ nghĩa đế quốc và các thế lực thù địch đã, đang và sẽ tăng cường chỉ đạo, giúp đỡ mọi mặt để phát triển đạo trong các vùng dân tộc ít người, bao gồm cả phát triển các đạo giáo mới và cả số người theo đạo, biến các tổ chức và hoạt động tôn giáo thành các tổ chức và hoạt động chính trị chống lại cách mạng Việt Nam. Chúng ta phải thường xuyên nêu cao cảnh giác, đẩy mạnh hoạt động tuyên truyền để nhân dân thấy rõ âm mưu thâm độc của chủ nghĩa đế quốc và các thế lực thù địch.