Trong những năm đầu thực hiện đường lối đổi mới, vì tập trung ưu tiên phát triển kinh tế và cũng một phần do nhận thức hạn chế nên việc gắn phát triển kinh tế với bảo vệ môi trường chưa chú trọng đúng mức. Tình trạng tách rời công tác bảo vệ môi trường với sự phát triển kinh tế - xã hội diễn ra phổ biến ở nhiều ngành, nhiều cấp, dẫn đến tình trạng gây ô nhiễm môi trường diễn ra phổ biến và ngày càng nghiêm trọng. Đối tượng gây ô nhiễm môi trường chủ yếu là hoạt động sản xuất của nhà máy trong các khu công nghiệp, hoạt động làng nghề và sinh hoạt tại các đô thị lớn. Ô nhiễm môi trường bao gồm 3 loại chính là: ô nhiễm đất, ô nhiễm nước và ô nhiễm không khí. Trong ba loại ô nhiễm đó thì ô nhiễm không khí tại các đô thị lớn, khu công nghiệp và làng nghề là nghiêm trọng nhất, mức độ ô nhiễm vượt nhiều lần tiêu chuẩn cho phép.
Theo Báo cáo của Bộ Tài nguyên và Môi trường, tính đến ngày 20/4/2008 cả nước có 185 khu công nghiệp được Thủ tướng Chính phủ quyết định thành lập trên địa bàn 56 tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Đến hết năm 2008, cả nước có khoảng trên 200 khu công nghiệp. Ngoài ra, còn có hàng trăm cụm, điểm công nghiệp được Uỷ ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương quyết định thành lập. Theo báo cáo giám sát của Uỷ ban khoa học, công nghệ và môi trường của Quốc hội, tỉ lệ các khu công nghiệp có hệ thống xử lí nước thải tập trung ở một số địa phương rất thấp, có nơi chỉ đạt 15 - 20%, như Bà Rịa - Vũng Tàu, Vĩnh Phúc. Một số khu công nghiệp có xây dựng hệ thống xử lí nước thải tập trung nhưng hầu như không vận hành vì để giảm chi phí. Đến nay, mới có 60 khu công nghiệp đã hoạt động có trạm xử lí nước thải tập trung (chiếm 42% số khu công nghiệp đã vận hành) và 20 khu công nghiệp đang xây dựng trạm xử lí nước thải. Bình quân mỗi ngày, các khu, cụm, điểm công nghiệp thải ra khoảng 30.000 tấn chất thải rắn, lỏng, khí và chất thải độc hại khác. Tại Hội nghị triển khai Đề án bảo vệ môi trường lưu vực hệ thống sông Đồng Nai ngày 26/2/2008, các cơ quan chuyên môn đều có chung đánh giá: nguồn nước thuộc lưu vực sông Sài Gòn - Đồng Nai hiện đang bị ô nhiễm nặng, không đạt chất lượng mặt nước dùng làm nguồn cấp nước sinh hoạt. Theo số liệu khảo sát do Chi cục Bảo vệ môi trường phối hợp với Công ty Cấp nước Sài Gòn thực hiện năm 2008 cho thấy, lượng NH3 (amoniac), chất rắn lơ lửng, ô nhiễm hữu cơ (đặc biệt là ô nhiễm dầu và vi sinh) tăng cao tại hầu hết các rạch, cống và các điểm xả. Có khu vực, hàm lượng nồng độ NH3 trong nước vượt gấp 30 lần tiêu chuẩn cho phép (như cửa sông Thị Tính); hàm lượng chì trong nước vượt tiêu chuẩn quy định nhiều lần; chất rắn lơ lửng vượt tiêu chuẩn từ 3 - 9 lần... Tác nhân chủ yếu của tình trạng ô nhiễm này chính là trên 9.000 cơ sở sản xuất công nghiệp nằm phân tán, nằm xen kẽ trong khu dân cư trên lưu vực sông Đồng Nai. Bình quân mỗi ngày, lưu vực sông phải tiếp nhận khoảng 48.000m3 nước thải từ các cơ sở sản xuất này. Dọc lưu vực sông Đồng Nai, có 56 khu công nghiệp, khu chế xuất đang hoạt động nhưng chỉ có 21 khu có hệ thống xử lý nước thải tập trung, số còn lại đều xả trực tiếp vào nguồn nước, gây tác động xấu đến chất lượng nước của các nguồn tiếp nhận... Có nơi, hoạt động của các nhà máy trong khu công nghiệp đã phá vỡ hệ thống thuỷ lợi, tạo ra những cánh đồng hạn hán, ngập úng và ô nhiễm nguồn nước tưới, gây trở ngại rất lớn cho sản xuất nông nghiệp của bà con nông dân.
Nhìn chung, hầu hết các khu, cụm, điểm công nghiệp trên cả nước chưa đáp ứng được những tiêu chuẩn về môi trường theo quy định. Thực trạng đó làm cho môi trường sinh thái ở một số địa phương bị ô nhiễm nghiêm trọng. Cộng đồng dân cư, nhất là các cộng đồng dân cư lân cận với các khu công nghiệp, đang phải đối mặt với thảm hoạ về môi trường. Họ phải sống chung với khói bụi, uống nước từ nguồn ô nhiễm chất thải công nghiệp... Từ đó, gây bất bình, dẫn đến những phản ứng, đấu tranh quyết liệt của người dân đối với những hoạt động gây ô nhiễm môi trường, có khi bùng phát thành các xung đột xã hội gay gắt.
Cùng với sự ra đời ồ ạt các khu, cụm, điểm công nghiệp, các làng nghề thủ công truyền thống cũng có sự phục hồi và phát triển mạnh mẽ. Việc phát triển các làng nghề có vai trò quan trọng đối với sự phát triển kinh tế - xã hội và giải quyết việc làm ở các địa phương. Tuy nhiên, hậu quả về môi trường do các hoạt động sản xuất làng nghề đưa lại cũng ngày càng nghiêm trọng. Tình trạng ô nhiễm không khí, chủ yếu là do nhiên liệu sử dụng trong các làng nghề là than, lượng bụi và khí CO, CO2, SO2 và Nox thải ra trong quá trình sản xuất khá cao. Theo thống kê của Hiệp hội Làng nghề Việt Nam, hiện nay cả nước có 2.790 làng nghề, trong đó có 240 làng nghề truyền thống, đang giải quyết việc làm cho khoảng 11 triệu lao động, bao gồm cả lao động thường xuyên và lao động không thường xuyên#. Các làng nghề được phân bố rộng khắp cả nước, trong đó các khu vực tập trung phát triển nhất là Đồng bằng sông Hồng, Bắc Trung bộ, Tây Bắc bộ, Đồng bằng sông Cửu Long. Riêng ở Đồng bằng sông Hồng có 866 làng nghề, chiếm 42,9% cả nước. Hình thức các đơn vị sản xuất của làng nghề rất đa dạng, có thể là gia đình, hợp tác xã hoặc doanh nghiệp. Tuy nhiên, do sản xuất mang tính tự phát, sử dụng công nghệ thủ công lạc hậu, chắp vá, mặt bằng sản xuất chật chội, việc đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải ít được quan tâm, ý thức bảo vệ môi trường sinh thái của người dân làng nghề còn kém, bên cạnh đó lại thiếu một cơ chế quản lý, giám sát của các cơ quan chức năng của Nhà nước, chưa có những chế tài đủ mạnh đối với những hộ làm nghề thủ công gây ô nhiễm môi trường và cũng chưa kiên quyết loại bỏ những làng nghề gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng, nên tình trạng ô nhiễm môi trường tại các làng nghề ngày càng trầm trọng và hiện nay đã ở mức “báo động đỏ”. Hoạt động gây ô nhiễm môi trường sinh thái tại các làng nghề không chỉ ảnh hưởng trực tiếp đến cuộc sống, sinh hoạt và sức khoẻ của những người dân làng nghề mà còn ảnh hưởng đến cả những người dân sống ở vùng lân cận, gây phản ứng quyết liệt của bộ phận dân cư này, làm nảy sinh các xung đột xã hội gay gắt.
Bên cạnh các khu công nghiệp và các làng nghề gây ô nhiễm môi trường, tại các đô thị lớn, tình trạng ô nhiễm cũng ở mức báo động. Đó là các ô nhiễm về nước thải, rác thải sinh hoạt, rác thải y tế, không khí, tiếng ồn... Những năm gần đây, dân số ở các đô thị tăng nhanh khiến hệ thống cấp thoát nước không đáp ứng nổi và xuống cấp nhanh chóng. Nước thải, rác thải sinh hoạt (vô cơ và hữu cơ) ở đô thị hầu hết đều trực tiếp xả ra môi trường mà không có bất kỳ một biện pháp xử lí nào ngoài việc vận chuyển đến bãi chôn lấp. Theo thống kê của cơ quan chức năng, mỗi ngày người dân ở các thành phố lớn thải ra hàng nghìn tấn rác; các cơ sở sản xuất thải ra hàng trăm nghìn mét khối nước thải độc hại; các phương tiện giao thông thải ra hàng trăm tấn bụi, khí độc. Trong tổng số khoảng 34 tấn rác thải rắn y tế mỗi ngày, thì Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh chiếm đến 1/3; bầu khí quyển của Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh có mức benzen và sunfua đioxit đáng báo động. Theo một kết quả nghiên cứu mới công bố năm 2008 của Ngân hàng thế giới (WB), trên 10 tỉnh thành phố Việt Nam, xếp theo thứ hạng về ô nhiễm đất, nước, không khí, thành phố Hồ Chí Minh và Hà Nội là những địa bàn ô nhiễm đất nặng nhất. Theo báo cáo của Chương trình môi trường của Liên hợp quốc, Hà Nội và thành phố Hồ Chí Minh đứng đầu châu á về mức độ ô nhiễm bụi.
Tình trạng ô nhiễm môi trường nêu trên có nhiều nguyên nhân chủ quan, khách quan khác nhau, song tập trung ở các nguyên nhân chủ yếu sau đây:
Thứ nhất, những hạn chế, bất cập của cơ chế, chính sách, pháp luật về bảo vệ môi trường và việc tổ chức thực hiện của các cơ quan chức năng. Theo thống kê của Bộ Tư pháp, hiện nay có khoảng 300 văn bản pháp luật về bảo vệ môi trường để điều chỉnh hành vi của các cá nhân, tổ chức, các hoạt động kinh tế, các quy trình kỹ thuật, quy trình sử dụng nguyên liệu trong sản xuất. Tuy nhiên, hệ thống các văn bản này vẫn còn chưa hoàn thiện, thiếu đồng bộ, thiếu chi tiết, tính ổn định không cao, tình trạng văn bản mới được ban hành chưa lâu đã phải sửa đổi, bổ sung là khá phổ biến, từ đó làm hạn chế hiệu quả điều chỉnh hành vi của các cá nhân, tổ chức, các hoạt động kinh tế... trong việc bảo vệ môi trường.
Thứ hai, quyền hạn pháp lí của các tổ chức bảo vệ môi trường, nhất là của lực lượng Cảnh sát môi trường chưa thực sự đủ mạnh, nên đã hạn chế hiệu quả hoạt động nắm tình hình, phát hiện, đấu tranh, ngăn chặn các hành vi vi phạm pháp luật về bảo vệ môi trường. Các cở sở pháp lí, chế tài xử phạt đối với các loại hành vi gây ô nhiễm môi trường và các loại tội phạm về môi trường vừa thiếu, vừa chưa đủ mạnh, dẫn đến hạn chế tác dụng giáo dục, phòng ngừa, răn đe đối với những hành vi xâm hại môi trường. Rất ít trường hợp gây ô nhiễm môi trường bị xử lí hình sự; còn các biện pháp xử lí khác như buộc phải di dời ra khỏi khu vực gây ô nhiễm, đóng cửa và đình chỉnh hoạt động của các cơ sở gây ô nhiễm môi trường cũng không được áp dụng nhiều, hoặc có áp dụng nhưng các cơ quan chức năng thiếu kiên quyết, doanh nghiệp trây ỳ nên cũng không có hiệu quả.
Thứ ba, các cấp chính quyền chưa nhận thức đầy đủ và quan tâm đúng mức đối với công tác bảo vệ môi trường, dẫn đến buông lỏng quản lí, thiếu trách nhiệm trong việc kiểm tra, giám sát về môi trường. Công tác thanh tra, kiểm tra về môi trường của các cơ quan chức năng đối với các cơ sở sản xuất dường như vẫn mang tính hình thức, hiện tượng “phạt để tồn tại” còn phổ biến. Công tác thẩm định và đánh giá tác động môi trường đối với các dự án đầu tư còn tồn tại nhiều bất cập và chưa được coi trọng đúng mức, thậm chí chỉ được tiến hành một cách hình thức, qua loa đại khái cho đủ thủ tục, dẫn đến chất lượng thẩm định và phê duyệt không cao.
Thứ tư, công tác tuyên truyền, giáo dục về bảo vệ môi trường trong xã hội còn hạn chế, dẫn đến chưa phát huy được ý thức tự giác, trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân, cộng đồng trong việc tham gia gìn giữ và bảo vệ môi trường.
Thứ năm, trình độ chuyên môn, nghiệp vụ của đội ngũ cán bộ chuyên trách công tác bảo vệ môi trường còn hạn chế; phương tiện kỹ thuật phục vụ công tác kiểm tra chưa đáp ứng được đòi hỏi của thực tiễn. Do đó, trong nhiều trường hợp, đoàn kiểm tra không thể phát hiện được những thủ đoạn tinh vi của doanh nghiệp thải các chất gây ô nhiễm ra môi trường.
Bảo vệ môi trường sinh thái trong quá trình CHN, HĐH hiện nay là yêu cầu cấp thiết đặt ra đối với cả hệ thống chính trị, các cấp, các ngành, các tổ chức, doanh nghiệp và của mọi công dân. Nhận thức rõ tầm quan trọng của vấn đề này, những năm qua Đảng và Nhà nước ta đã ban hành nhiều chủ trương, chính sách về bảo vệ môi trường, điển hình là Nghị quyết số 41-NQ/TW ngày 15/11/2004 của Bộ Chính trị (Khoá IX) về bảo vệ môi trường trong thời kỳ đẩy mạnh CNH, HĐH đất nước; Chỉ thị số 29-CT/TW ngày 21/01/2009 của Ban Bí thư về tiếp tục thực hiện Nghị quyết số 41-NQ/TW của Bộ Chính trị; Luật Bảo vệ môi trường (sửa đổi); các nghị định của Chính phủ hướng dẫn thực hiện Luật Bảo vệ môi trường... Các chỉ thị, nghị quyết, văn bản pháp quy này đi vào cuộc sống đã bước đầu tạo ra một số chuyển biến tích cực trong hoạt động bảo vệ môi trường, song vẫn còn nhiều mặt chưa đáp ứng được đòi hỏi của thực tiễn. Để ngăn chặn, khắc phục và xử lí có hiệu quả những hành vi gây ô nhiễm môi trường, cần thực hiện đồng bộ một số giải pháp chủ yếu sau đây:
Một là, tiếp tục hoàn thiện hệ thống pháp luật về bảo vệ môi trường, trong đó những chế tài xử phạt (cưỡng chế hành chính và xử lí hình) phải thực sự đủ mạnh để đủ sức răn đe các đối tượng vi phạm. Bên cạnh đó, cần xây dựng đồng bộ hệ thống quản lí môi trường trong các nhà máy, các khu công nghiệp theo các tiêu chuẩn quốc tế, đồng thời tổ chức giám sát chặt chẽ nhằm hướng tới một môi trường tốt đẹp và thân thiện hơn với con người.
Hai là, tăng cường công tác nắm tình hình, thanh tra, kiểm tra, giám sát về môi trường (thường xuyên, định kỳ, đột xuất); phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan chuyên môn, nhất là giữa lực lượng thanh tra môi trường với lực lượng cảnh sát môi trường các cấp, nhằm phát hiện, ngăn chặn và xử lí kịp thời, triệt để những hành vi gây ô nhiễm môi trường của các tổ chức, cá nhân. Đồng thời, nâng cao năng lực chuyên môn, nghiệp vụ cho đội ngũ cán bộ chuyên trách công tác môi trường; trang bị các phương tiện kỹ thuật hiện đại để phục vụ có hiệu quả hoạt động của các lực lượng này.
Ba là, chú trọng công tác quy hoạch phát triển các khu, cụm, điểm công nghiệp, các làng nghề, các đô thị, đảm bảo tính khoa học cao, trên cơ sở tính toán kỹ lưỡng, toàn diện các xu thế phát triển, từ đó có chính sách phù hợp; tránh tình trạng quy hoạch tràn lan, thiếu đồng bộ, chồng chéo như ở nhiều địa phương thời gian vừa qua, gây khó khăn cho công tác quản lí nói chung, quản lí môi trường nói riêng. Đối với các khu công nghiệp, cần có quy định bắt buộc các công ty đầu tư hạ tầng phải xây dựng hệ thống thu gom, xử lí nước thải tập trung hoàn chỉnh mới được phép hoạt động, đồng thời thường xuyên có báo cáo định kỳ về hoạt động xử lí nước thải, rác thải tại đó.
Bốn là, chú trọng và tổ chức thực hiện nghiêm túc việc thẩm định, đánh giá tác động môi trường đối với các dự án đầu tư, trên cơ sở đó, cơ quan chuyên môn tham mưu chính xác cho cấp có thẩm quyền xem xét quyết định việc cấp hay không cấp giấy phép đầu tư. Việc quyết định các dự án đầu tư cần được cân nhắc kỹ lưỡng giữa lợi ích đem lại trước mắt với những ảnh hưởng của nó đến môi trường về lâu dài. Thực hiện công khai, minh bạch các quy hoạch, các dự án đầu tư và tạo điều kiện để mọi tổ chức và công dân có thể tham gia phản biện xã hội về tác động môi trường của những quy hoạch và dự án đó.
Năm là, đẩy mạnh công tác tuyên truyền, giáo dục về môi trường trong toàn xã hội nhằm tạo sự chuyển biến và nâng cao nhận thức, ý thức chấp hành pháp luật bảo vệ môi trường, trách nhiệm xã hội của người dân, doanh nghiệp trong việc gìn giữ và bảo vệ môi trường; xây dựng ý thức sinh thái, làm cho mọi người nhận thức một cách tự giác về vị trí, vai trò, mối quan hệ mật thiết giữa tự nhiên - con người - xã hội.