Ở phần một, lão Hoa đi tìm thuốc cho con. Việc mua chiếc bánh bao nhuốm máu đỗ tươi để về chữa bệnh cho con là đẩu mối dẫn đến tư tưởng quan trọng nhất. Chiếc bánh bao được thấm máu của người tù bị chết chém, theo truyền miệng trong dân chúng, là có thể chữa được bệnh lao, Sau khi lão Hoa mang bánh bao về nhà cho con trai là Thuyên giữa cảnh đông người tại quán thì nhân vật Cả Khang xuất hiện và luôn mồm nói oang oàng về giá trị của thuốc - bánh bao. Bất chợt người râu hoa râm hỏi Cả Khang về một người bị chém thì trọng tâm của câu chuyện bắt đầu phát triển.
Người tù bị chém đó là Hạ Du, con bà Tứ. Hạ Du là người có chí lớn, dũng cảm dám vuốt râu cọp. Tuy Cách mạng Tân Hợi (1911) thất bại, nhưng Lỗ Tấn vẫn khâm phục những người chân chính, hiên ngang. Bản thân nhà văn cũng có những người thân, cùng đồng hương, đã tham gia cách mạng và đã bị giết rất dã man. Khi viết truyện ngắn Thuốc này, theo nhà văn, đó là những dòng tưởng nhớ tình bạn đối với Thu Cận - người bạn cách mạng đã bị giết hại. Nhân vật Hạ Du có ý ám chỉ Thu Cận.
Trước cái chết bi thảm của người cách mạng này, quần chúng đã đàm luận rất nhiều. Nhưng lời lẽ của họ lại tự để lộ những căn bệnh phổ biến bấy giờ trong xã hội. Đó là bệnh hám tiền của, tranh thù trục lợi. Việc lão Nghĩa lấy áo của người bị tử hình, cụ Ba đem cháu ra đầu thú được thưởng hai mươi, lăm lạng bạc, việc bán máu của người bị xử chém... đã chứng tỏ điều này. Đó là bệnh thiếu trí tuệ xét đoán, thiếu tinh thần dân tộc. Hạ Du là người hoạt động cách mạng cho dân tộc, nêu cao tình cảm yêu nước, mà không được một số người nhận ra. Họ còn nói nhiều điều sai trái. Những Cả Khang, nhân vật râu hoa râm, cậu Năm Gù đều là những người xem Hạ Du là người điên, là quỷ sứ, là khốn nạn... Tuy nhiên khi nói về Hạ Du, có một chi tiết giàu ý nghĩa về quan điểm và bản lĩnh của Hạ Du đã làm cho bọn họ ngơ ngác, như là không có trình độ hiểu được. Đó là lão Nghĩa tát Hạ Du hai bạt tai (vì Hạ Du nói chuyện cách mạng với lão) thì Hạ Du lại nói với Lão Nghĩa rằng: "Thật đáng thương hại, thật đáng thương hại!". Đây quả là câu nói có tầm độ thật sự của một người cách mạng.
Ở phần cuối tác phẩm, thằng bé Thuyên con Lào Hoa cũng chết, chứ không thể nào sống bởi cách chữa bệnh ngu dốt, mù quáng mà cha nó đã làm. Nó được chôn ở phần nghĩa địa phía phải, phía những người nghèo khổ. Còn thi thể người cách mạng bị chết chém Hạ Du được ở phần nghĩa địa phía trái, phía những người chết tù, chết chém.. Một buổi sáng, Bà Hoa mẹ bé Thuyên, cùng bà Tứ mẹ Hạ Du đã có mặt nơi nghĩa địa để viếng mộ con. Trên mộ thằng bé Thuyên không có hoa, nhưng trên mộ của Hạ Du có những cánh hoa trắng xếp thành vòng tròn. Nhìn mộ con, Bà Hoa thấy lòng trống trải, có một chút gì không thỏa mãn..., nhưng bà không muốn suy nghĩ thêm. Còn bà Tứ đến sát mộ con, rồi nhận thấy "Hoa không cổ gốc, không phải dưới đất mọc lên! Ai đã đến đày! Trẻ con không thể đến chơi. Bà con họ hàng nhất định là không ai đến rồi!... Thế này là thế nào?" Rồi bà chợt hiểu, bà khóc. Đấy chính là vòng hoa cho những người cách mạng. Cái chết của Hạ Du xứng đáng được kính tặng những vòng hoa tươi dẹp. Những bông boa, những vòng hoa xinh đẹp tỏa hương, sẽ an ủi tấm lòng người mẹ, xóa tan cái thố lương, ảm đạm. Bằng chi tiết này, Lỗ Tấn đã mang lại niềm tin, một sự lạc quan cần thiết: niềm tin vào cách mạng. Có thể có hai chủ đề trong truyện ngắn này, nhưng chắc chắn truyện ngắn Thuốc thể hiện suy nghĩ và tình cảm nhà văn đối với các liệt sĩ cách mạng nói chung, đối với những người bạn thân nói riêng. Máu của Hạ Du đã đổ vì lí tưởng, nhưng qua kết cấu và hình tượng trong tác phẩm thì máu ấy không bị quên lãng, mà sẽ thành những tràng hoa đầy sự ngưỡng mộ của nhân dân.
Với một vấn đề mang tính quan điểm được diễn đạt bằng ngôn ngữ văn xuôi, theo một kết cấu có chủ định, có khả năng miêu tả chi tiết và các hình ảnh, hình tượng có tính khái quát, Lỗ Tấn đã truyền đạt thành công ý định nghệ thuật của mình. Giáo sư Lương Duy Thứ nối rất đúng: "Lỗ Tấn không quên công lao của những người Cách mạng Tân Hợi. Ông vẫn khâm phục những con người cách mạng chân chính, những chiến sĩ dũng cảm hiên ngang, và ông ghi một ấn tượng tốt đẹp về họ. Hạ Du (Thuốc) là người có chí lớn, dũng cảm, dám gãi đầu hổ. Lỗ Tấn không quên đặt một vòng hoa trên mộ anh. Đó là sự ghi nhận công lao của những người cách mạng chân chính".